El 1 de agosto de 2017, el joven se encontraba en el territorio mapuche Pu Lof Cushamen en la provincia de Chubut realizando un corte de ruta para exigir la restitución de las tierras ancestrales de la comunidad.
Por entonces, Gendarmería nacional reprimió el corte para liberar la zona. Allí se encontraba Maldonado quien pudo escapar de la represión, pero no volvió con sus compañeros militantes. 77 días después su cuerpo apareció sin vida.
En diálogo con Radio Provincia, Verónica Heredia, abogada de la familia destacó las dificultades que enfrenta la causa: "Hoy tenemos denegación de Justicia para saber la fecha de la muerte de Santiago, por lo tanto, si no sabemos cuando murió, no sabemos ni dónde ni cómo".
En esa línea, enfatizó que lo que ocurre es que "los propios jueces advirtieron que la decisión del juez Gustavo Lleral de archivar la causa, es absurda, porque aún están abiertas todas las preguntas".
Sobre el testimonio que brindó una testigo que declaró en mayo dijo: ”Lo que declaró la testigo no se está investigando porque su declaración está dentro de la causa a cargo del juez Lleral, y él dijo que hasta que la Corte Suprema no resuelva, no va a hacer nada”.